yumを実行すると下記のようにメッセージが出た
Another app is currently holding the yum lock; waiting for it to exit...
これは新しいfedoraでyum-updatesdが勝手に動くからだ!
と言うことでとりあえずyumを殺します
# ps aux | grep yum
# kill PID
さらに勝手に起動しないようにしておく
chkconfig --level 2345 yum-updatesd off
そしてyumを実行すると問題なく動きました。